Hola Christian,
Bueno, si es repetible la falla podría ser mas fácil detectarla.
Hay que determinar si es tema del puerto serie, o este al recibir datos, llama a otras funciones de la placa que puedan interferir.
¿Hay forma que me pases la parte del código que maneja el puerto así analizo?.
Si queres pasamelo en forma privada por mail.
Saludos
PD 04/08/2016: Solucionado por cliente con correcciones de programación en su proyecto.